El generador de hipoclorito de sodio se puede utilizar para el tratamiento secundario del suministro de agua.

Cuando  hipoclorito de sodio  entra en contacto con el agua, se hidroliza para formar hipoclorito e iones hipoclorito. Entre ellos, el hipoclorito tiene fuertes propiedades oxidantes y puede destruir las proteínas y otros sistemas enzimáticos de las bacterias (virus), matando así los microorganismos patógenos. Efecto de desinfección continua con cloro residual, funcionamiento sencillo, más seguro y cómodo que el cloro líquido y más económico que la lejía en polvo.

En comparación con la desinfección con cloro gaseoso, el hipoclorito de sodio tiene menores riesgos de seguridad, no presenta ningún riesgo de fuga para la seguridad de la vida humana y no produce subproductos tóxicos o dañinos. Los estudios han demostrado que durante la desinfección con hipoclorito de sodio, el ácido dicloroacético (DCAA) en el agua de la fábrica es menor que en la desinfección con cloro líquido, mientras que el ácido tricloroacético (TCAA) es básicamente equivalente. Cuando se utiliza hipoclorito de sodio para la desinfección, los trihalometanos (THM) en el agua de la fábrica son más bajos que el cloro líquido, y el tetracloruro de carbono (CCl4) es básicamente equivalente a ambos. En general, la cantidad de subproductos de la desinfección con hipoclorito de sodio es menor que la del cloro líquido.